После недолгих поисков наткнулся вот здесь на такую команду:
gs -dNOPAUSE -sDEVICE=pdfwrite -sOUTPUTFILE=combinedpdf.pdf -dBATCH 1.pdf 2.pdf 3.pdf
Ghostscript - пакет, позволяющий просматривать или печатать PostScript и pdf-файлы, конвертировать их в другие форматы, ну и конечно же позволяет сшить множество pdf-файлов в один.